อำเภอปายเป็นเมืองเก่าแก่ ประชากรที่ตั้งถิ่นฐานอยู่ในดินแดนแห่งนี้มาแต่เดิมคือชาวพ่ายหรือไปร ซึ่งเป็นกลุ่มชาติพันธุ์ที่ใช้ภาษาตระกูลออสโตร-เอเชียติก สาขาว้า-เรียง ดังมีร่องรอยหลักฐานซากวิหารและเจดีย์กระจายอยู่ทั่วไปทั้งบนภูเขาสูง ที่ดอนเชิงเขา บริเวณพื้นราบลุ่มน้ำปาย บางแห่งก่อสร้างด้วยหิน เช่น ในผืนป่าบริเวณใกล้น้ำตกเอิกเกอเต่อ ซึ่งเป็นต้นน้ำแม่ปิงน้อย บางแห่งมีการขุดคูเป็นร่องลึกบนภูเขาสูงชัน มีเจดีย์บนยอดเขา
มีหลักฐานว่าเจ้าเมืองคนแรกคือ ขุนส่างปาย ในสมัยพระเจ้าโหตรประเทศ พระราชาธิบดีเจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ ส่งเจ้าแก้วเมืองออกสำรวจชายแดน ได้พบว่าภูมิประเทศน่าสนใจ จึงแนะนำให้ขุนส่างปายย้ายเมืองมาตั้งฝั่งตะวันตกของแม่น้ำปายเพราะเป็นที่ราบกว้างขวาง ผู้คนจึงเรียกเมืองใหม่ว่า "เวียงใต้" ส่วนเมืองเก่าเรียกว่า "เวียงเหนือ"
ภูมิหลังทางประวัติศาสตร์
เมืองปายเป็นเมืองที่มีคนตั้งถิ่นฐานตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ ในสมัยประวัติศาสตร์บริเวณที่ตั้งเมืองปายเป็นเมืองสำคัญของล้านนาในสมัยราชวงศ์มังรายซึ่งมีเมืองเชียงใหม่เป็นศูนย์กลาง ต่อมาเมืองปายได้ร้างไปพร้อมกับเมืองเชียงใหม่ ประมาณปี พ.ศ. 2318-2338 เมืองปายได้ฟื้นฟูเป็นหมู่บ้านและพัฒนาเป็นอำเภอปาย โดยมีผู้คนหลายกลุ่มชาติพันธุ์อพยพเข้ามาอาศัยอยู่ ได้แก่ คนไทยวน (คนเมือง) ชาวไทใหญ่ ชาวปกาเกอญอ (กะเหรี่ยง) และชาวไทยภูเขาเผ่าต่าง ๆ ทั้งนี้เนื่องจากเมืองปายตั้งอยู่ในบริเวณที่อุดมสมบูรณ์ มีแม่น้ำไหลผ่านหลายสาย เหมาะสำหรับการประกอบอาชีพเกษตรกรรม ปัจจุบันเมืองปายเป็นเมืองชุมทางที่สำคัญเมืองหนึ่งบนเส้นทางระหว่างเชียงใหม่กับแม่ฮ่องสอน
สมัยก่อนประวัติศาสตร์
อำเภอปายมีร่องรอยการอาศัยอยู่ของมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ และมีชุมชนโบราณที่ปรากฏชื่อในตำนานคัมภีร์ใบลานหลายเมือง และมีประวัติสืบต่อกันมานับร้อยปี ประกอบกับมีหลักฐานโบราณคดีปรากฏอยู่ในชุมชนโบราณดังกล่าวด้วย จากการศึกษาของพระครูปลัดกวีวัตน์ธนจรรย์ สุระมณี วัดเจดีย์หลวง อำเภอเมืองเชียงใหม่ มีรายงานการสำรวจว่าในเขตเมืองน้อย อำเภอปาย มีหลักฐานโบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์ดังนี้
ถ้ำผีแมน บ้านห้วยหก ตำบลเวียงเหนือ อยู่ห่างจากบ้านห้วยหกไปทางทิศตะวันตกราว 1,500 เมตร พบซากกระดูกและระแทะคล้ายรางไม้ให้อาหารสัตว์หลงเหลืออยู่ บางส่วนถูกชาวบ้านเผาไปเกือบหมดแล้ว ถ้ำผีแมนซึ่งเป็นที่อยู่ของมนุษย์ก่อนประวัติศาสตร์นี้มีอยู่หลายแห่งในเขตจังหวัดแม่ฮ่องสอน เช่น
ถ้ำป่าคาน้ำฮู ตำบลปางหมู อำเภอเมืองแม่ฮ่องสอน
ถ้ำน้ำลอด อำเภอปางมะผ้า พบหลักฐานของใช้ของคนถ้ำในยุคนั้นคือ กำไลแขนทำด้วยโลหะ หม้อดินลายเชือกทาบ ขวานหินขุด ระแทะไม้ ฯลฯ
ถ้ำดอยปุ๊กตั้ง อยู่ทางทิศใต้ของบ้านห้วยเฮี้ย ตำบลเวียงเหนือ ใช้เวลาเดินทางด้วยเท้าจากหมู่บ้านประมาณ 1 ชั่วโมง พบเครื่องใช้ของมนุษย์ถ้ำมีลักษณะเช่นเดียวกันกับที่พบในถ้ำผีแมนแห่งอื่น ๆ
